Ο Κανονισμός λειτουργίας και αρμοδιοτήτων του Διοικητικού Συμβουλίου περιγράφει τη λειτουργία του Διοικητικού Συμβουλίου και τις αρμοδιότητές του.

1. Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει τουλάχιστον μία φορά το μήνα, ύστερα από πρόσκληση του Προέδρου του, καθώς και εκτάκτως όταν το απαιτούν οι υποθέσεις της ΕΝ.Π.Ε. Στην πρόσκληση αναγράφονται τα προς συζήτηση θέματα. Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει στην έδρα της ΕΝ.Π.Ε. ή σε άλλη πόλη της χώρας ύστερα από σχετική απόφασή του (άρθρο 16 παρ. 1  ΠΔ 74/2011).
2. Ο Πρόεδρος υποχρεούται να συγκαλέσει το συμβούλιο μέσα σε επτά (7) ημέρες αφότου υποβληθεί έγγραφη αίτηση, υπογραφόμενη από επτά (7) τουλάχιστον μέλη του, στην οποία αναφέρονται και τα θέματα που θα συζητηθούν (άρθρο 16 παρ. 2  ΠΔ 74/2011).
3. Το Διοικητικό Συμβούλιο έχει απαρτία εφόσον τα μέλη που είναι παρόντα αποτελούν την απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του. Αν μετά από δύο συνεχείς προσκλήσεις το συμβούλιο δεν έχει απαρτία συνεδριάζει ύστερα από τρίτη πρόσκληση και παίρνει αποφάσεις μόνο για τα θέματα που είναι γραμμένα στην αρχική πρόσκληση, εφόσον είναι παρόντα τουλάχιστον εννέα (9) μέλη (άρθρο 16 παρ. 3  ΠΔ 74/2011).
4. Το Διοικητικό Συμβούλιο παίρνει τις αποφάσεις του με την απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων, αν δεν υπάρχει άλλη διάταξη που ορίζει διαφορετικά. Σε περίπτωση ισοψηφίας επικρατεί η ψήφος του Προέδρου (άρθρο 16 παρ. 4  ΠΔ 74/2011).
5. Στις συνεδριάσεις προεδρεύει ο Πρόεδρος και απόντος ή κωλυομένου αυτού ο Α΄ Αντιπρόεδρος και τούτου απόντος ή κωλυομένου ο Β΄ Αντιπρόεδρος (άρθρο 16 παρ. 5  ΠΔ 74/2011).
6. Το Διοικητικό Συμβούλιο διοικεί την ΕΝ.Π.Ε. Λαμβάνει όλα τα απαραίτητα μέτρα και αποφάσεις για την επίτευξη των σκοπών της ΕΝ.Π.Ε.
7. Ψηφίζει τον προϋπολογισμό, τον απολογισμό και το ετήσιο πρόγραμμα δράσης της ΕΝ.Π.Ε., τα οποία συντάσσονται από την Εκτελεστική Επιτροπή (άρθρο 16 παρ. 6  ΠΔ 74/2011).
8. Αποφασίζει για το χρόνο και τον τόπο σύγκλησης των Γενικών Συνελεύσεων και συνεδρίων της ΕΝ.Π.Ε (άρθρο 16 παρ. 8  ΠΔ 74/2011).
9. Καθορίζει την αποζημίωση και τα έξοδα κίνησης των μελών του, των μελών της Εκτελεστικής Επιτροπής και των άλλων επιτροπών, συμβουλίων και οργάνων καθώς και των υπαλλήλων της ΕΝ.Π.Ε. (άρθρο 16 παρ. 10  ΠΔ 74/2011), σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
10. Με απόφασή του που λαμβάνεται με την απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του ψηφίζει τον κανονισμό λειτουργίας του και όλους τους κανονισμούς της ΕΝ.Π.Ε., εκτός από τον κανονισμό λειτουργίας της Γενικής Συνέλευσης (άρθρο 16 παρ. 11  ΠΔ 74/2011).
11. Με απόφασή του που λαμβάνεται με πλειοψηφία των τριών πέμπτων (3/5) του συνόλου των μελών του, μπορεί να μεταβιβάζει στην Εκτελεστική Επιτροπή αρμοδιότητες του, εκτός από εκείνες που αφορούν τον προϋπολογισμό, το πρόγραμμα δράσης της ΕΝ.Π.Ε. και τους κανονισμούς (άρθρο 16 παρ. 12  ΠΔ 74/2011).