Ο Κανονισμός λειτουργίας και αρμοδιοτήτων της εκτελεστικής επιτροπής περιγράφει τη λειτουργία και τις αρμοδιότητές της.

1. Η Εκτελεστική Επιτροπή συνεδριάζει τουλάχιστον μία φορά το μήνα, ύστερα από πρόσκληση και υπό την προεδρία του προέδρου, καθώς και όταν το απαιτούν οι υποθέσεις της ΕΝ.Π.Ε. Στην πρόσκληση αναγράφονται τα προς συζήτηση θέματα.
   Η Εκτελεστική Επιτροπή συνεδριάζει στην έδρα της ΕΝ.Π.Ε. ή σε άλλη πόλη της χώρας ύστερα από σχετική απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου (άρθρο 17 παρ. 1 ΠΔ 74/2011).
2. Ο Πρόεδρος υποχρεούται να συγκαλέσει την Εκτελεστική Επιτροπή μέσα σε επτά (7) ημέρες αφότου υποβληθεί έγγραφη αίτηση, υπογραφόμενη από τρία (3) τουλάχιστον μέλη της. Στην αίτηση αναφέρονται και τα προς συζήτηση θέματα (άρθρο 17 παρ. 2 ΠΔ 74/2011).
3. Η Εκτελεστική Επιτροπή έχει απαρτία εφόσον τα μέλη της που είναι παρόντα αποτελούν την απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών της. Αν μετά από δύο συνεχείς προσκλήσεις η Εκτελεστική Επιτροπή δεν έχει απαρτία συνεδριάζει ύστερα από τρίτη πρόσκληση και παίρνει αποφάσεις μόνο για τα θέματα που είναι γραμμένα στην αρχική πρόσκληση, εφόσον είναι παρόντα τουλάχιστον τρία (3) μέλη. Η Εκτελεστική Επιτροπή παίρνει τις αποφάσεις με την απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων, αν δεν υπάρχει άλλη διάταξη που ορίζει διαφορετικά. Σε περίπτωση ισοψηφίας επικρατεί η ψήφος του Προέδρου (άρθρο 17 παρ. 3 ΠΔ 74/2011).
4. Η Εκτελεστική Επιτροπή συντάσσει το Πρόγραμμα Δράσης της Ένωσης και καταρτίζει τον Προϋπολογισμό και τον Απολογισμό Εσόδων και Εξόδων αυτής, τα οποία υποβάλλει στο Διοικητικό Συμβούλιο προς έγκριση (άρθρο 17 παρ. 5  Π.Δ. 74/11).
5. Προσλαμβάνει και απολύει το προσωπικό της Ένωσης, κατά τις διατάξεις του Οργανισμού Εσωτερικής Υπηρεσίας της Ένωσης και τις διατάξεις της ισχύουσας νομοθεσίας. Αποφασίζει το μισθολογικό σύστημα και γενικότερα τους όρους εργασίας του προσωπικού της Ένωσης, σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
6. Ορίζει τους εκπροσώπους της 'Ένωσης σε κάθε φύσης όργανα, συμβούλια, επιτροπές, αποστολές, κλπ στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
7. Διαθέτει τις πιστώσεις που είναι γραμμένες στον προϋπολογισμό της Ένωσης για απρόβλεπτα έξοδα.
8. Επικουρεί τον Πρόεδρο της Ένωσης στην προετοιμασία των εισηγήσεων για τα θέματα της ημερήσιας διάταξης του Διοικητικού Συμβουλίου και της Γενικής Συνέλευσης της Ένωσης.
9. Επιλαμβάνεται θεμάτων αρμοδιότητας του Διοικητικού Συμβουλίου, όταν δημιουργείται προφανής κίνδυνος ή ζημία των συμφερόντων της Ένωσης, τα οποία εισάγονται για επικύρωση στην αμέσως επόμενη συνεδρίασή του.
10. Ασκεί όσες αρμοδιότητες της  μεταβιβάζει το Διοικητικό Συμβούλιο (άρθρο 17 παρ. 5  Π.Δ. 74/11).